한의대 생활/본4 - SNUBI 인턴생활


5명의 발표자가 있었고, 나는 해당사항이 없었다.

나는 거의 BioInformatics에 필요한 기초 자료 학습에 집중하였고, 나만의 분석라이브러리도 만들었다. 또한, 민감한 의료데이터의 샘플을 받아 처리과정도 살펴보았다.

어느 인턴들보다 많은 학습을 했다고 자부하고, 교수님 & 연구실분들에게 크게 감사하고 있다.특히 논문에 사용되는 통계기법들을 학습하고 직접 r로 구현해본 것.
내 논문실험에 직접 대입해본 것
데이터를 보는 눈이 생긴 것
sql을 학습해본 것
등등 이다.

발표에 당선된 연구들은 거의다 해당 연구실의 대학원생들이 진행하던 연구를 그대로 받아온 것 같다. Figure나 연구결과들은 단기간(인턴기간)동안 나올 수 있는 결과물이 아니었다..
나는 직접 계획하고 실험하여 머신러닝 딥러닝 연구를 한의학에 적용하였지만, 의과학과 연구발표와는 거리가 있으므로 크게 발표나 수상에 염려를 두지 않았다.
하지만, 연구실마다 다양한 발표가 있었고, 그분들은 직접 실험하는데 보조를 했을 것이다.

나는 수상은 못했지만, 경험하지 못했고, 앞으로도 경험할 수 없는 것들을 얻고 간다!
부상으로 서울대 마크의 독서대를 받았다!

02. 19 분석 피드백

2019. 2. 20. 09:58
  1. 필요한 자료를 몽땅가져오기 위해 inner join 한다면 -> 메인 테이블A의 key로 계속 B, C, ... key 연결
    순차적으로 할 시, B에 대해 또 C가 왕창 생겨서 엄청 뿔어난다.

  2. 각 테이블의 row가 다 똑같으면 inner join해도 상관없지만, 각각 row가 다른 상황 -> row가 제일 많은 메인테이블(Person테이블)left join으로 끼워넣어야함.
    아마도 메인 테이블이 가장 row가 많다. 각각의 부 테이블은 master테이블로서 row가 별로 없을 것이다.

  3. 데이터 그래프로 특이점이 발견되었다면, 그 데이터 세부적으로 더 분석해보기

sql고수 효* 선생님께 sql을 다룰 수 있는 간단한 설명과 자료를 건네주셨다.
의료데이터이므로 민감한 자료라 보관을 잘하고 연습후 폐기를 잘해야할 것이다.
나는 이것을 sql로 EDA를 마치고 python으로 불러와서 EDA 및 feature engineering을 거친 뒤, 머신러닝 알고리즘으로 예측해보려는 시도를 해보겠다

보고서 작성이 금요일까진데,, 월요일부터 본격 시도를 하려고한다..
ㅠㅠ 시간이 많이 촉박하다..

02. 01 첫 cdm 스터디

2019. 2. 1. 23:55

최* 선생님께서 postgesql 서버에 접속한 노트북으로 쿼리를 돌리는 경험을 하게 해주셨다.

다만 민감한 서버라 내가 직접 가지고 연습할수는 없는가보다.

SQL의 귀재 김**선생님 의 세미나를 3시간가량 들었는데 그것을 매일 1회씩 5번 정도 반복했다

처음에는 4시간 넘게 걸리던 것이 1시간 가량으로 줄어들어 익숙해졌다.

 

쿼리보는 눈이 생긴것 같다.

앞으로 남은 기간동안 잘 할 수 있으려나

 

쿼리결과만 받아서 어떻게 분석할지 고민해보기로 했다.

설날동안 그동안 pandas분석한 것을 복습해서 최대한 결과물을 만들어봐야겠다.

01. 29 식권 대량구매

2019. 1. 30. 09:13

매일 혜화역에서 밥을 사먹어야하다보니
여자친구 부모님이 보내주신 반찬도 다 먹어서
승*선생님의 도움을 받아 서울대병원 식권을 대량구매했다
35장 * 장당 4000원 = 14만원 정듀

한달정도는 식비랑 시간을 아낄 수 있겠다.

필요할때 많이들 도와주셔서 너무감사하다!

서울대 연구공원 단지 내에 있는 SK TACACDEMY의 세미나를 다녀왔다.

시계열 데이터를 다루는 방법이 무척 궁금했는데

엄청 유용하게 쓰일 것 같다.

연습해야하는데 시간이 없다. ㅠ

낙성대역에서 관악2번타고 10분 정도 가면, 서울대 연구공원단지가 있음
거기에 삼성전자, LG, SK, COWAY 연구실이 다모여있었다. ㄷㄷ

중간에는 카페테리아 건물이 있어서 밥도 먹었다.

우아~~

한* 선생님께서 통계 책을 빌려주셔서 쉽게 이해하였다.

일단 내가 조사한 설문지의 n수가 각각 6, 12, 111인데
이것들의 민감도, 특이도 수치를 비교하기 위해서는

3그룹이 ANOVA 아니면 Kruskal-Willis test 인 것 같다.
하지만, n수가 적어 정규분포를 따르지 않으므로 ANOVA를 제낀다.

  • K-W test는 정규분포를 따르지 않으니 3그룹 모두 크기별로 나열하고 순위를 정한 뒤, 순위의 합을 비교하는 방식이다.

비모수검정인 K-W test를 해서 p <0.05인 부분을 찾아봤는데
3가지 약재에서 1개만 집단별 차이를 보였다.

차이를 보인다면 사후검정을 해야한다.

사후검정의 종류를 찾아보니 Mann-whitney test가 있었다.

그 중 박사-한의사, 박사-학생만 차이를 보였다.

이것을 논문에 기술하는 것도 처음인데, 다른 논문을 참고하기가 쉽지가 않다.

그냥 pubmed에 해당 테스트를 사용한 figure를 몇개 찾은 뒤 종합해서 table을 만들고, 기술했다..

잘 될련지 모르겠다. ㅠ

01.14 R세미나 2번째 시간

2019. 1. 14. 13:57

오늘은 Preprocessing 과 MicroArray된 데이터를 T -test와  SAM 분석하는 코드를 배웠는데,

전문지식들이 들어가서 어려웠다.


일기를 안쓰는 동안, SQL 세미나가 있었는데, 복습을 열심히 해야할 듯하다

PostgreSQL을 배워야, 사수선생님께 CDM를 다루는 연습을 할 수 있을 것 같아서

NGS 분석 세미나는 참석안할 것을 고려하고 있다.

리눅스 세미나까지만 해봐야겠다.


하하하 input되는 정보가 너무 많다 -ㅁ-;;

Python 정리 -> R 정리 -> SQL 정리 -> 머신러닝 정리 -> PostgreSQL 공부 및 정리 -> SQL 및 자연어처리 공부..


크허허허;

제일 하고 싶었던 파이썬으로 의료데이터 연습하기 세미나가 있었다.

R과 python세미나는 전부 연구실 선생님들께서 실습해주셨다.

하하하.

재밌다 진짜 하고 싶었던 것을 다 해보니.. 복습을 열심히해야지.

분석라이브러리를 사용하기보다는 정규표현식을 이용해서 일부 데이터를 추출하는 연습 위주로 했다.


오늘은 DB세미나를 듣는데,,, 음,,,

이것 역시 하고 싶었는데 잘 따라가야쥐..


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01. 07 R 세미나1

2019. 1. 7. 21:50

나는 참 운이 좋은 것 같다..

R을 공부해야할 찰나에 의료정보 랩실에 인턴으로 오고

좋은 선생님들도 만났는데,,

우리 연구실 선생님들께서 실습세미나를 나가시는 정밀의료 전문인력 양성 ~ 의료데이터분석 전문가 기본과정 세미나에

나도 들을 수 있다니...ㅠㅠ

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가려운 부분이 긁여지는 느낌이다..

열심히 복습해야지 하하하하하

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01. 06 교수님과 식사

2019. 1. 6. 02:41

인터넷으로만 보던 교수님과 점심약속이 잡혔다.

지금 우리들이 뭐하고 있는지 뭐하고 싶은지 물으셨고

프로그래밍 관련 얘기를 하다가

교수님의 과거 역사를 들었다.


... 교수님은 괴수시다...

프로그래밍의 바닥이라고 할 수 있는 assembly어부터 시작하셨고,,,

MIT 공대도 나오시고,,

통찰력이나 미래를 내다보시는 것이

그냥 다른사람 같았다..

흐흐흐...


컴퓨터 관련 얘기를 하다보니, 뻘쭘하지도 않고 재밌게 2시간이 순삭되었다.

고기도 실컷먹고, 기분좋은 하루였다.

01. 05 출근 둘쨋날

2019. 1. 6. 02:39

오늘은 다른그룹(이우*, 권호*, 유승*) 선생님 3분께서 점심을 함께 했다.

많은 정보를 노출하긴 싫지만, 안잃어버릴려고 이름과 특징을 기억해두려함.

한분은 시크해보이셨고

한분은 엄청~나게 친절하시고

한분은 능력자포스에 게임, 문화 등 내 관심분야를 모두 꾀고 계셨다.

이분께서 SNUBI 홈페이지 계정도 알려주셨다.


이분들은 탁구에 관심이 많으셔서, 같이 점심시간에 탁구를 쳤다

근 2년만에 탁구를 쳤는데, 몸이 풀리는데까지 한참 걸렸다.

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다행히 또 선생님들과 공감대가 형성되어서 다행이다.


오늘은 CDM에 대한 자료와 약간의 임무를 부여받았다. 하하하

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그리고 출입증도 얻었다!!

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이를 위해, 과학기술인등록번호를 등록하였고, 연구원 등록신청서를 작성해서 비서선생님께 갖다드렸다.

01. 03 출근 첫날

2019. 1. 6. 02:33

교수님께서 같이 인턴으로 들어온 김병*선생님과 나를 불러 무엇이 하고 싶은지 물으셨다

그리고 하고싶은 연구경험에 적합한 선생님을 추천해주셨다.


인턴이 들어오더라도 보통은 방치(?)하는 경우도 많다고 들었는데,

1년차 선생님 등 4인조(안세*, 한*, 최*, 최정* 선생님)께서 점심식사를 사주시고 기본적인 설명을 해주셨다.

운이 좋게도 같은 한의사 출신 선생님께서 나의 관심분야에 대한  연구를 하고 계셨다.

말을 참 이쁘게 하신다.

연구에 방해 안되게 잘 해야할텐데..


같은 동료선생님은 다른 연구실로 갔다. 열정이 뛰어나신 것 같음. 대학원 진학을 희망하심.

서울대학교 대학원 의과학과 제 23기 학부연구생 인턴프로그램 오리엔테이션 및 환경안전교육

일시 : 2018년 12월 26일(수) 10시

장소 : 융합관 양윤선홀(102호)

문의 : 의과학과 사무실(740-8094)


오리엔테이션

의과학과 학과장의 개회사

지원자는 200명이 넘었다. 엄청난 경쟁률을 뚫고 합격한 여러분들을 축하합니다.

국내 여러 BIOMEDICAL 학과 중 우리 학과는 비교적 신설된 과이지만, 10만

의사뿐만 아니라 의과학자를 양성하기 위함이다.

의과대학의 교수는 서울대 500명 중 특정한 실험실을 가지고 있는 교수는 60명 정도 있고, 관심 가질수 있는 모든 주제가 망라되어있다고 볼 수 있다.

의과학자가 되기 위해서는 학생들이 연구를 해야하며, 그 주제는 몸에 대한 심도있는 이해이다.

환자를 직접보진 않지만, 새로운 개념을 제시하는 학과가 의과학과이다.


지금까지는 공부를 함으로써 지식을 소비만 했겠지만, 여기서는 새로운 지식을 생산하기 때문에 쉽지 않다.

각 실험실이 가지는 Main Question이 무엇인지 알아야할 것이다. 그 질문에 대한 가설을 어떻게 세우고, 어떤 실험방법을 가지고 증명을 하는지 잘 지켜보아야할 것이다.

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인턴의 역할

여러분이 새로운 가설을 세우진 않는다. 작은 파생된 질문에 답을 할 수 있겠지만, 여러분들은 위험한 존재이기 때문에 혼자 생활하도록 두지 않을 것이다.

아마도 어느 대학원생이 다루는 주제에 대해서 배우게 되며 그 대학원생이 사수가 되어 교수의 3번째 팔이 될 것이다.

너무 앞서서 머리를 쓰는 것은 곤란할 수 있다.

진행중 인 실행기법을 한번 다루게 된다면 좋은 기회가 될 것이다.

어떤 스토리에 대해 책임감을 느끼고 있으면 좋다.

힘든 경우는, 이전 실험에 대해 똑같은 실험이 다른 결과가 나온 경우 여러분들의 개입이 나쁜 영향을 미치는 것이다.

결과적으로는 논문으로 나와서 biomedical에 신개념을 제시하는 것이다.

매년 80명의 대학원생을 뽑게 된다. 여러분들은 지원시 plus point를 가지게 된다.


보고서 제출

2019. 2. 15(금) 17:00까지

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임시출입증

신청양식 -> 주임교수님 도장 -> 시설 행정실
보증금 1만원
12. 26일 ~ 28일 오후 5시까지


환경 안전교육

서울대학교 현황

- 석사박사시 교수님께 컨택 방법 : 이메일을 돌리고, 몇날 몇일에 오라고 해서 면접을 보고 문화생처럼 그랬었는데, 지금은 이러한 프로그램들이 있다.

간단한 서울대 현황

상해보험 가입자 연구활동 종사자 수 : 20,000여명(연구자들 수)
교수 등 연구원 수 : 2,000여명
실험실 수 : 의과대학 내에는 200개 정도, 서울대 전체는 1,600여개
수원 캠퍼스 : 융합과학기술대학원
강원도 평창 : 그린바이오과학기술연구원
강원도 홍천 :  .

제23기 참여학생수 총 93명

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  1. 2021.08.19 16:29

    비밀댓글입니다

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